衢州孔庙为南宋·建炎初孔子第四十八世孙袭封衍圣公孔端友率族人随高宗赵构南渡后所诏建。宋宝祐元年(1253年)始建，明正德十五年(1520年)迁于现址，历代多次修葺。1998年经过全面修缮，作为衢州市历史博物馆舍对外开放。主体建筑有头门、大成门、大成殿、东西两庑、思鲁阁、圣泽楼等。
浙江衢州孔氏南宗家庙坐落于衢州市区府山街道新桥街，是全国重点文物保护单位。衢州孔庙是全国仅有的两家孔氏家庙之一，素称“南宗”。（北宗：山东曲阜）
衢州孔庙曾经三迁三建，十多次修葺。现址的孔庙为明·武宗正德十五年(公元1520年)所建，位于衢州府城东隅，占地约20亩，基本上是按照山东曲阜孔庙的规模来规划建造。建筑占地面积约13900平方米，分为孔庙、孔府及后花园三部分。
整个建筑群坐北朝南，平面呈纵长形，以3条轴线布局。东轴线上有孔塾、崇圣门、崇圣祠、圣泽楼等建筑。中轴线上有孔庙大门、大成门、甬道、大成殿、东西庑等建筑。西轴线上有五支祠、袭封祠、六代公爵祠、思鲁阁等建筑。西轴线稍西为世袭博士署，即孔府的奉祀官府。家庙历经各代的多次维修，至今仍保留有宋代的建筑形制和规模。
庙前设有“金声”、“玉振”、“棂星”、“大成”四门。前左为“金声门”，右为“玉振门”，金声、玉振两门之外，有“德侔天地”、“道冠古今”两块牌坊。庙门为一座单体歇山顶建筑．在石须弥座的围墙衬托下，显得威严庄重。庙门上方，悬挂着一块由当代著名书法家沙孟海题字的“衢州孔氏家庙”额，字体苍劲有力。正门两边一对石狮，显示出圣地的尊严。据了解，庙门是根据明代衢州孔氏家庙图，结合清代建筑风格重新设计证。进而正中，立石结构三拱式的“棂星门”，再进为“大成门”，门之左右均为碑亭，立宋宝祐间祀部尚书、翰林学士赵汝腾撰写的创建家庙碑等十七块碑石，碑文均由当朝政要，社会名儒撰记。
进大成门可上佾（yì古代乐舞的行列，一行八人叫一佾）台，是祭祀孔子时歌舞的地方一座全部由青石铺成的170 个方米的佾台，紧接佾台的是孔庙的主殿大成殿，是庙内的最高建筑，这是一座重檐歇山顶明代建筑，殿阁雄伟、气势不凡。双重飞檐中立有一块竖匾，上书“大成殿”三字，檐下挂着“生民来有”匾额，为清代雍正皇帝砌笔。殿内一块清代康熙皇帝撰写的“万世师表”原额，悬挂在正殿上方。大殿高23米，长和宽各9米。殿内正中是孔子座像，两旁侍立着其子伯鱼及孙子思像。横梁上悬有十余块历代帝皇御书匾额。殿内共有木质圆柱12根。其中最大的圆柱周长1.80米，大人伸展双臂也难以抱全。殿前通道的东西两侧各有九间房子，叫“两庑”，挂供奉先贤的地方。东西两庑祀十二哲、中兴祖孔仁玉以及孔传、孔端友。
金声门左，是家塾所在，内进为祟圣祠，祠后是圣泽楼、旧称御节楼，祠前稍西为报功祠，祀官绅之有功于南宗者。玉振门右有五支祠、袭封祠、六代公爵祠及思鲁阁等建筑。思鲁阁上奉孔子及亓官夫人楷木像，像高不足两尺。孔子长袍大袖，亓官夫人长裙垂地，形象生动。阁下立有“先圣遗像”碑，碑高2.07米，宽0.85米。相传为孔端友根据唐代画家吴道子手迹摹刻的。
在家庙之西，连接世袭翰林院五经博士府（俗称孔府或博士衙门）。博士府后进为内宅，与家庙大成殿齐平。